listings パッケージは、プログラムのソースコードなどを整形して組むためのパッケージです。
listings パッケージは実装の都合により、そのままでは日本語をうまく扱うことができません。 そこで、(u)pLaTeX で日本語を扱いつつ listing パッケージを使うときは、 jlisting や plistings といったパッケージを併用する必要がありました。
LuaTeX-ja パッケージでは、LuaTeX-ja と listings が読み込まれたときに、 listings に対するパッチである lltjp-listings を自動的に読み込むので、 もはや plistings や jlistings は不要です。
むしろ、jlisting や plistings を読み込むとエラーの原因になるので、読み込まないようにしましょう。
参考: LuaTeX-ja パッケージマニュアル の 16 章に詳しい説明があります。